
אחת ההשפעות המרכזיות של המעבר לשעון קיץ היא פגיעה בשינה. מחקרים מראים שבימים שלאחר הזזת השעון קדימה, אנשים ישנים פחות שעות מהרגיל ואיכות השינה נפגעת משמעותית. הגוף מתקשה להסתגל לשינוי המיידי, במיוחד כשמדובר בקיצור של שעת שינה. אצל חלק מהאנשים זה מתבטא בעייפות, ירידה בריכוז ואפילו שינויים במצב הרוח.

מעבר לכך, יש גם נתונים שמצביעים על עלייה בסיכונים בריאותיים בימים שאחרי המעבר. מחקרים שפורסמו בכתבי עת רפואיים מצאו עלייה במספר התקפי הלב בימים הראשונים לאחר המעבר לשעון קיץ. בנוסף, נרשמה גם עלייה בתאונות דרכים ובפציעות בעבודה - ככל הנראה בגלל עייפות וחוסר ריכוז.
השעון הביולוגי של הגוף, שמווסת את מחזורי השינה והערות, פועל לפי אור וחושך. כאשר מזיזים את השעון קדימה או אחורה, נוצרת הפרעה זמנית לסנכרון הזה. מומחים לרפואת שינה מסבירים שהגוף זקוק לזמן כדי להסתגל, ולעיתים מדובר בכמה ימים ואף יותר - במיוחד אצל ילדים, מבוגרים ואנשים שסובלים מלכתחילה מבעיות שינה.
עם זאת, יש גם מי שמדגישים את היתרונות של שעון קיץ - בעיקר מבחינת אור יום ארוך יותר בשעות הערב. אור נוסף יכול לעודד פעילות גופנית, יציאה מהבית ואינטראקציה חברתית, שהם גורמים חשובים לבריאות כללית. בנוסף, יש מחקרים שמצביעים על ירידה מסוימת בפשיעה ועלייה בפעילות כלכלית בתקופות של אור ערב ממושך.
הוויכוח המרכזי בעולם הרפואה כיום אינו רק אם לבטל את המעבר, אלא גם איזה שעון עדיף להשאיר קבוע. חלק מהמומחים טוענים ששעון חורף קבוע מתאים יותר לשעון הביולוגי של האדם, כי הוא מתואם יותר עם אור השמש בבוקר. אחרים סבורים שהיתרונות החברתיים והכלכליים של שעון קיץ מצדיקים דווקא השארה שלו לאורך כל השנה.
למרות חילוקי הדעות, יש הסכמה רחבה על נקודה אחת: המעבר עצמו - פעמיים בשנה - הוא הגורם הבעייתי ביותר. לכן, יותר ויותר קולות קוראים לבטל את השינוי הקבוע ולהשאיר שעון אחיד לאורך כל השנה. עד שתתקבל החלטה, מומחים ממליצים להיערך לשינוי בהדרגה, להקפיד על שעות שינה קבועות ולהימנע מחשיפה למסכים לפני השינה, כדי לצמצם את ההשפעה על הגוף.