למרות הדרמה, בולטון לא נעצר ואינו מואשם בעבירה כלשהי. הנשיא דונלד טראמפ עצמו, שבולטון שימש תחתיו כיועץ לביטחון לאומי, מיהר להגיב: "הוא לא אדם חכם, אבל הוא יכול להיות אדם לא פטריוטי מאוד. נגלה את האמת". טראמפ הדגיש כי לא ידע על הפעולה מראש: "אני לא רוצה לדעת, אבל אתם צריכים לעשות מה שצריך. אני למעשה קצין אכיפת החוק הראשי, אבל עדיף שזה יתנהל כך".
ג'ון בולטון ודונלד טראמפ בימי הקדנציה הראשונה בבית הלבן
שורשי הפרשה חוזרים לשנת 2020, אז פתח משרד המשפטים בחקירה נגד בולטון סביב ספרו "החדר שבו זה קרה". בספרו חשף מידע שנחשב בעיני הממשל לסודות מדינה, וטראמפ ניסה למנוע את פרסומו בטענה שהפר הסכם סודיות. הניסיון נכשל, אך מאז נותר הספר מוקד למחלוקת. לפי גורמים רשמיים, ממשל ביידן סגר את החקירה לאחר כניסתו לבית הלבן "מסיבות פוליטיות", אולם כעת היא נפתחה מחדש כחלק מבדיקה רחבה יותר של הדלפות מסמכים מסווגים.
היחסים האישיים בין טראמפ לבולטון התדרדרו עוד קודם לכן, בספטמבר 2019, כאשר טראמפ פיטר אותו מהתפקיד. מאז, בולטון הפך לאחד המבקרים החריפים ביותר של מדיניות החוץ של הנשיא, תוך הופעות תכופות ברשתות טלוויזיה כמו CNN. בינואר 2025, עם שובו של טראמפ לבית הלבן, נשללו מבולטון הגנת השירות החשאי וסיווגו הביטחוני. המהלך עורר חשש לביטחונו, במיוחד על רקע העובדה שאיראן סימנה אותו כיעד חיסול בעקבות חלקו בתקיפת המל"ט שהובילה לחיסול מפקד כוח קודס קאסם סולימאני ב־2020.
דווקא בזמן שסוכני ה־FBI שהו בביתו, פורסם בחשבון ה־X של בולטון פוסט שעסק במדיניות טראמפ במלחמת רוסיה–אוקראינה. "רוסיה לא שינתה את יעדה – לגרור את אוקראינה לאימפריה רוסית חדשה… זלנסקי לעולם לא יסכים לכך. הפגישות יימשכו כי טראמפ רוצה פרס נובל לשלום, אבל אני לא רואה התקדמות", כתב. לא ברור אם ההודעה פורסמה בזמן אמת או כפרסום מתוזמן מראש, אך עצם התזמון עורר תשומת לב רבה.
סוכני FBI פשטו על ביתו ומשרדו של ג'ון בולטון
הפשיטה התרחשה יום בלבד לאחר שטען פאטל כי ראש ה־FBI לשעבר, ג’יימס קומי, אישר הדלפות של מסמכים מסווגים ערב בחירות 2016 תוך כדי "הטעיית הקונגרס". פאטל מציג את עצמו כמי שמבקש לחשוף שחיתויות עמוקות בממשל הפדרלי, במיוחד בכל הנוגע לחקירת החשדות לקשרים בין הקרמלין לקמפיין טראמפ באותה שנה.
במקביל, טראמפ המשיך לתקוף את בולטון אישית. במהלך ביקור פתע במוזיאון אגודת ההיסטוריה של הבית הלבן הוא כינה אותו "עלוב חיים" ו"לא חכם", וטען כי "הוא גרוע מאוד במה שהוא עושה. הוא לא מדבר, חוץ מאשר בטלוויזיה, שם תמיד יש לו משהו רע להגיד על טראמפ". הנשיא הודיע כי יישא הצהרה מיוחדת מהחדר הסגלגל בצהריים, אך נושאה לא נחשף.
בולטון, בן 76, דמות ותיקה בממסד הביטחוני האמריקאי, נותר בשנים האחרונות אחד המבקרים העקביים של טראמפ. העימות בין השניים, שהתפתח מקרע פוליטי למאבק אישי מתוקשר, ממחיש עד כמה פרשת בולטון היא לא רק חקירה משפטית אלא גם סמל לעימות רחב יותר על הכיוון של מדיניות החוץ והביטחון של ארצות הברית.