נמל התעופה בן גוריון נסגר לחלוטין ביום שישי, ועל פי גורמי ביטחון, נראה כי שדה התעופה יישאר סגור לפחות למשך שלושה ימים. במקביל, המרחב האווירי נסגר כאמור מעל ישראל, אך גם מעל איראן, עיראק וירדן, זאת בעקבות תקיפות שביצע צה"ל לעבר מטרות באיראן. חברות תעופה רבות ברחבי העולם הגיבו מיד למתיחות הביטחונית, כאשר טיסות בוטלו, שונו או הוסטו כדי להבטיח את שלומם של נוסעים ואנשי צוות.
ישראל הודיעה כי תקפה מתקנים גרעיניים, מפעלי טילים בליסטיים ואתרים צבאיים של משמרות המהפכה, במה שתיארה כשלב ראשון במבצע ממושך שנועד למנוע מאיראן השגת נשק גרעיני. מערכת ההגנה האווירית הישראלית הועברה לכוננות גבוהה, ובמקביל הושבתו כל הטיסות המסחריות במדינה. חברת אל על הודיעה על ביטול כלל טיסותיה, וטיסות שהיו אמורות לנחות בישראל הופנו לקפריסין ויוון. מאוחר יותר הודיעו גם אל על וישראייר כי הן מעבירות מטוסים לחו"ל כהיערכות למתקפת תגמול אפשרית.
נמל התעופה בן גוריון נסגר לחלוטין לכל הטיסות
אל על פרסמה הודעה לפיה כל טיסותיה בוטלו בשל ההנחיה הביטחונית לסגור את המרחב האווירי הישראלי. הנוסעים שתוכננו להמריא במוצאי שבת או ביום ראשון התבקשו שלא להגיע לנמל התעופה ולהמתין לעדכון.
נוסעים הנמצאים בחו"ל הונחו להסדיר סידורי לינה עד לפרסום הנחיות חדשות. בנוסף הודיעה החברה כי נוסעים שרכשו כרטיסים עד 13 ביוני לטיסות עד 28 ביוני יוכלו לבטל את ההזמנה ולקבל שובר עתידי או החזר מלא. אל על חסמה הזמנות חדשות עד סוף החודש כדי לתת עדיפות לנוסעים שטיסותיהם בוטלו, ועדכונים נוספים יפורסמו באתר החברה וברשתות החברתיות שלה.
במקביל, איראן הודיעה על סגירת המרחב האווירי שלה עד להודעה חדשה, ועיראק השעתה את כל תנועת המטוסים בשטחה. האזור המזרחי של עיראק, הסמוך לגבול האיראני, נחשב לאחד מנתיבי התעופה העמוסים בעולם, ובשעות שלאחר התקיפה נראו מטוסים מסחריים שמסיטים את מסלולם מעל מרכז אסיה וסעודיה. גם ירדן הצטרפה להחלטה וסגרה את המרחב האווירי שלה כמה שעות לאחר תחילת התקיפות הישראליות.
חברות תעופה בינלאומיות הגיבו במהירות: לופטהנזה ביטלה את כל טיסותיה לטהרן, אייר אינדיה השיבה לאחור טיסות שהמריאו מניו יורק, לונדון, שיקגו וונקובר, ואירופלוט ביטלה את הקו לטהרן ועדכנה מסלולים נוספים במזרח התיכון. Emirates הפנתה טיסה ממנצ'סטר לאיסטנבול, ו-flydubai נאלצה להנחית טיסה מבלגרד בארמניה. החברה גם השעתה טיסות לישראל, איראן, סוריה, ירדן ולבנון. קטר איירווייז ביטלה טיסות לדמשק, ובהמשך גם לאיראן ולעיראק.