על פי תחקיר שהגיע לידי ה"פוסט", אוניברסיטת סן פרנסיסקו מממנת תוכנית לימודים שאירחה טרוריסטים פלסטיניים כמרצים אורחים. התוכנית, המכונה "לימודי אתניות ערבית ומוסלמית ותפוצות" (AMED), אף ארגנה טיול סטודנטים לירדן במסגרתו נפגשו עם מממן חמאס מורשע ועם האישה הראשונה שחטפה מטוס למען "שחרור פלסטין".
האירועים השנויים במחלוקת הובילו להגשת תביעות מצד סטודנטים יהודים, ובשנת 2018 כונתה האוניברסיטה "הקמפוס האנטישמי ביותר במדינה" במחקר של מכון NCRI. ממצאי המחקר מתפרסמים על רקע איומי ממשל טראמפ לעצור מימון פדרלי בשווי מיליארדים ממוסדות שאינם פועלים להגנה על סטודנטים יהודים.
פרופסור רבאב עבד אל-האדי, מנהלת תוכנית AMED, מקיימת קשרים הדוקים עם ארגונים פרו-חמאס כמו "החזית העממית לשחרור פלסטין" ו"פורום העם", ארגון הממומן חלקית על ידי המפלגה הקומוניסטית הסינית, שארגן הפגנות תמיכה בחמאס בניו יורק מיד לאחר מתקפת הטרור ב-7 באוקטובר 2023.
שלושה ימים לאחר הטבח שביצע חמאס בדרום ישראל, פרסם AMED בדף הפייסבוק הרשמי שלו מסר המכבד "את כל לוחמי ההתנגדות מג'רונימו ועד עזה, חווארה ואל-אקצא". ביוני 2024, השתתפה עבד אל-האדי בכנס העם למען פלסטין בדטרויט והביעה תמיכה מלאה ב"חזית העממית לשחרור פלסטין", ארגון שהוגדר כקבוצת טרור זרה בשנת 2021 על ידי מחלקת המדינה האמריקאית.
בשנת 2014, AMED מימנה משלחת לפלסטין בהובלת עבד אל-האדי, במהלכה נפגשו סטודנטים עם שייח ראאד סלאח, שנכלא בעבר בגין גיוס כספים לחמאס, ועם לילה חאלד, חברה ב"חזית העממית לשחרור פלסטין" שחטפה טיסת אל על מאמסטרדם לניו יורק בשנת 1970 והפכה לאישה הראשונה שעשתה זאת.
בתגובה לפניית ה'פוסט', הכחישה אוניברסיטת סן פרנסיסקו בתוקף כי לתוכניותיה יש קשרים לטרור, וטענה כי "הנהלת SFSU לא הזמינה ולא מימנה" את לילה חאלד וכי היא לא קיבלה תשלום מהאוניברסיטה. האוניברסיטה הוסיפה: "SFSU מגנה אנטישמיות ומחויבת ליצירת סביבת לימודים בטוחה ומזמינה לסטודנטים יהודים".
האוניברסיטה נתבעה בשנת 2017 על ידי סטודנטים יהודים בטענה להסתה לאנטישמיות ואפליה נגד יהודים, לאחר הפרעה לנאום של ראש עיריית ירושלים במוסד שנה קודם לכן.